На территории Архангельской области расположено 113 особо охраняемых природных территорий, включающих в себя: 1 заповедник, 4 национальных парка, 36 заказников, 65 памятников природы, 2 дендрологических сада и 1 ботанический сад, 3 охраняемых природных территории местного значения, 1 природный парк.
Особо охраняемые природные территории регионального значения представляют собой участки с ценными природными и историко-культурными объектами. Существующие ООПТ призваны обеспечить сохранение редких и типичных участков лесов, лугов, болот, водоемов и других экосистем, а также редкие виды растений и животных в их естественной среде обитания, традиционные трассы пролета и зимовок птиц, пути прохода и нерестилища рыб и другие природные явления и процессы. На сегодняшний день на территории Архангельской области ООПТ регионального значения представлены 36 заказниками, 65 памятниками природы и 1 природным парком.
Одними из наиболее ценных экосистем в пределах области, находящимися под охраной ООПТ регионального значения являются малонарушенные лесные массивы площадью не менее 50 тыс. га, охраняемые в Кожозерском, Соянском, Уфтюго-Илешском, Приморском и Двинско-Пинежском заказниках. Стоит отметить, что доля малонарушенного лесного фонда Архангельской области является самой высокой по Северо-Западному региону и составляет 30 %, однако, на сегодняшний день не все леса данной группы находятся под охраной. Биологическую ценность представляют леса с примесью краснокнижной черной ольхи, произрастающие на территории Лачского, Кожозерского, Сольвычегодского, Устьянского и Шиловского заказников.
Сосняки лишайниковые играют важную роль в поддержании общего экологического баланса территории, они охраняются в Вилегодском, Сольвычегодском, Соянском, Шиловском, Яренском заказниках, наибольшее значение сосняки играют в жизни северного оленя.
В Мудьюгском, Двинском заказниках произрастают редкие дюнные сосняки.
Ценными на территории области являются карстовые леса, распространенные широко и достаточно охраняемые в региональных заказниках. Редкими являются лиственничные леса и таежные редколесья карстовых ландшафтов, произрастающие на шелопняковых полях Чугского заказника. Сами шелопняковые поля, подобные известняковым мостовым Канады и Скандинавии, образуют в заказнике значительные площади. Подобного развития шелопняковых полей нет ни в других карстовых массивах Архангельской области, ни в карсте мира в целом.
Также редколесья, являющиеся азональным типом растительности, отмечены на территории заказника «Железные Ворота», Соянского заказника, памятника природы «Голубинский карстовый массив» и памятников природы системы Кулогорских пещер Пинежского района. Луга карстовых логов, распространенные в Соянском заказнике и заказнике «Железные Ворота», считаются аналогами горных лугов Урала и представляют высокую экосистемную ценность.
Редкими считаются экосистемы Товских озер Приморского заказника с изолированными популяциями краснокнижного озерного многотычинкового сига. Значительные по площади редкие аапа болота распространены в низовьях реки Сояна Соянского заказника, они отмечены в рамках Рамсарской конвенции по биологическому разнообразию по водно-болотным угодьям, как одни из наиболее ценных типов болот таежной зоны, имеющие большое значение для сохранения биологического разнообразия.
С целью охраны и воспроизводства охотничье-промысловых видов животных, сохранения и восстановления численности, редких и исчезающих видов зверей и птиц, ценных в хозяйственном, научном и эстетическом отношении, а также среды их обитания на территории области образовано 22 биологических заказника. Для сохранения и восстановления численности животных и птиц в заказниках проводятся биотехнические мероприятия. В результате биотехнических работ и охранного статуса территорий, в большинстве заказников зимние маршрутные учеты (ЗМУ) и иные учеты отмечают более высокую численность видов зверей и птиц по сравнению с численностью на сопредельной территории. Особое внимание в системе ООПТ уделяется сохранению и восстановлению численности популяции северного дикого оленя, занесенного в Красную книгу области, в Шиловском, Уфтюго-Илешском и Кожозерском заказниках, где отмечается наибольшая плотность популяции.
ООПТ регионального значения играют важную роль в сохранении рыбных запасов области, по территории заказников протекают следующие семужье-нерестовые реки: Большая Торожма, Нижняя и Верхняя Кучема, Ерна, Зимняя Золотица, Кепина, Сояна, Кожа, Котуга, Кулой, Куя, Сывтуга, Това, Турья, Уктым, Четлас, Шоча, Мегра. Основная часть данных рек располагается в Соянском и Приморском заказниках. Режим использования территории заказника не вносит дополнительных ограничений к правилам рыболовства, но ограничивает транспортную доступность водных объектов, что представляет особую важность в период нереста рыб.
Кроме того, установленным режимом обеспечивается дополнительная охрана водных биологических ресурсов на ООПТ, в границах которых располагаются крупные озера или их части. Так задачу сохранности биоресурсов озер Лача и Кожозеро, решают одноименные заказники.
Система ООПТ регионального значения области охватывает территории, имеющие природоохранную ценность международного значения. К ключевым орнитологическим территориям России (КОТР) относятся Беломорский, Двинской, Лачский, Кулойский, Лекшмох, Филатовский заказники. Природоохранная деятельность на данных территориях носит максимальный эффект для сохранения видов, подвидов или популяций птиц. Значение территорий Беломорского и Двинского заказника в орнитологическом плане очень велико. Ежегодно в период весенних миграций через дельтовую область Северной Двины пролетает от 80 до 320 тыс. особей нескольких видов гусей (гуменник, белолобый гусь); 60-100 тыс. казарок (главным образом белощекая казарка и черная казарка), 11-17 тыс. лебедей (лебедь-кликун и малый лебедь).
На территории Приморского и Соянского заказников, памятника природы «Урочище Куртяево» и проектируемого Солзинского заказника обнаружены выходы на поверхность отпечатков организмов вендского периода. Ископаемые остатки вендских животных встречаются редко: единичные местонахождения в Австралии, Южной Африке, Северной Америке и на Cевере Европы, в Архангельской области. Беломорские вендские ископаемые обладают наилучшей сохранностью, именно материалы, происходящие из Архангельской области, положили конец многолетнему спору среди исследователей и показали, что это были пусть и необычные, но настоящие животные, а не растения.
Каждый из заказников имеет свою уникальную историю создания. В начале 20 века на о. Мудьюг был создан концентрационный лагерь и ссыльно - каторжная тюрьма. О событиях тех времен нам напоминают исторические памятники, с целью сохранения которых был организован Мудьюгский ландшафтный заказник. Так же на острове было обнаружено крупнейшее на беломорских островах поселение эпохи ранней бронзы "Мудьюг-1" (II - I тыс. до н.э.). Его площадь составляет 80 тыс. кв. м, здесь открыты остатки более 40 жилищ, углубленных в землю.
До настоящего времени в Кожозерском и Веркольском ландшафтных заказниках сохранились святые места XVI – XVII вв. В Кожозерье находится Богоявленский монастырь - единственный сохранившийся пример в Европейской части России монашеского пустынножительства. А Пинежье прославилось Артемиево - Веркольским монастырем, основанным в честь Святого праведного отрока Артемия, от мощей которого по сей день происходят многочисленные исцеления.
В Архангельской области существуют 3 ООПТ местного значения: зеленая зона «Сосновый бор острова Ягры» (г. Северодвинск), «Коряжемская кедровая роща» (г. Коряжма), природно-исторический комплекс «Парк памяти» (Вилегодский район). С более подробной информацией по ООПТ регионального значения Архангельской области можно ознакомиться на сайте «ООПТ России».