Главной целью создания заказника, является сохранение численности лося в местах зимней концентрации в результате миграции лосей из Приморского, Мезенского и Пинежского районов Архангельской области.
Также территория заказника играет важную роль в поддержании популяций редких видов птиц Архангельской области. Здесь гнездятся 6 видов птиц, включенные в Красную книгу РФ а именно: скопа, беркут, орлан-белохвост, филин, сапсан и обыкновенный серый сорокопут. Кроме того, в заказнике гнездятся 5 редких видов, включенные в Красную книгу Архангельской области: лебедь-кликун, чеглок, мохноногий сыч, воробьиный сыч, длиннохвостая неясыть. Возможно гнездование еще 2 видов: обыкновенный осоед, бородатая неясыть. Встречаются на пролете малый лебедь, атлантическая черная казарка и пискулька - виды, занесенные в Красную книгу Российской Федерации.
Своеобразие орнитофауне заказника придает сочетание обширных пойменных угодий в долине реки Кулой, являющейся настоящим резерватом для пролетных и гнездящихся водоплавающих птиц. На территории заказника отмечено 132 вида птиц, относящихся к 12 отрядам.
Заказник представляет большую ценность для сохранения гнездящихся здесь глухаря, рябчика, желны, трехпалого дятла, кукши, желтоголового королька, малой мухоловки, сероголовой гаички, овсянки-ремеза. Благодаря значительной орнитологической значимости, территория Кулойского заказника включена в состав Ключевой Орнитологической Территории России «Река Кулой и ее пойма».
Из млекопитающих, отнесенных к редким видам Архангельской области, на данной территории обитают северный олень (дикий), европейская норка, два вида летучих мышей - ночница Брандта и северный кожанок. Отмечено пребывание гадюки обыкновенной, также занесенной в Красную книгу Архангельской области.
Флора заказника насчитывает 306 видов растений, из них к редким, уязвимым и нуждающимся в охране относятся лобария легочная, калипсо луковичная и башмачок настоящий, занесенные в Красную книгу Российской Федерации, а также костенец зеленый, осока белая, леукорхис беловатый, прострел раскрытый, фиалка Морица, неккера перистая, гвоздика ползучая, гусиный лук, занесенные в Красную книгу Архангельской области, также рекомендованы для биологического надзора тонконог большой, дремлик темно-красный, ветреница лесная, ветреница лютичная, фиалка Ривиниуса, реброплодник уральский, ортилия тупая, кортуза Маттиоля и тимьян ползучий.
Более подробную информацию о заказнике и режиме особой охраны на его территории, можно узнать по ссылке: http://www.eco29.ru/oopt/oopt-aari-ru